Koncem třetihor v ledových dobách při ochlazování klimatu se vytvořily na úbočích svahů ze
sněhových lavin ledovce. Při postupném tání tlačily před sebou množství uvolněného kamene a štěrku,
z nichž se pod svahy nakupily mohutné hráze, které zadržely vodu vzniklou z roztátých ledovců po
ústupu poslední ledové doby.
Tak došlo ke vzniku osmi ledovcových jezer (5 na české a 3 na bavorské straně):
- Černé jezero:
je rozlohou největší na Šumavě (18,93 ha,
hloubka 40 m). Leží ve výšce 1008 m n. m.
- Čertovo jezero:
(10,31 ha, hloubka 37 m) leží na jižním svahu Jezerní hory ve výšce 1030 m n. m.
- Jezero Laka:
nejmenší a nejvýše položené
jezero na české straně Šumavy pod horou Plesná (2,5 ha, 1096 m n. m.). V jezeře jsou plovoucí ostrůvky.
- Plešné jezero:
leží pod nejvyšším vrcholem české strany Šumavy (1090 m n. m., 7,5 ha, hloubka 90 m).
Na skalisku nad jezerem ve výšce 130 m stojí památník básníka a spisovatele A. Stiftera.
- Prášilské jezero:
nachází se pod horou Poledník (1315 m)
asi 3 km od obce Prášily (3,6 ha, 1079 m n. m., hloubka 7 m).
- Velké javorské jezero (Großer Arbersee) - SRN:
JV od
Velkého Javoru, obklopeno nádhernými lesy (934 m n. m., 4,5 ha).
U jezera je chata a parkoviště. Nedaleko Pohádkový les (Märchenwald) s pohádkovými postavami v životní velikosti.
- Malé javorské jezero (Kleiner Arbersee) - SRN:
leží osaměle
na úpatí Malé jezerní stěny blízko pramene Bílé Řezné (914 m n. m.). Podobně jako na hladině jezera i zde
nalezneme plovoucí ostrůvky.
- Roklanské jezero (Rachelsee) - SRN:
1071 m n. m., 3,7 ha, hloubka 14 m.